اين فرد را مرد خاكستري اصلاحات و يا بقول بهزاد نبود ، پدر معنوي اصلاحات مينامند.

پشتيباني سنگين ايشان از بني صدر ، محمد خاتمي و مير حسين موسوي  همچنين مخالفت علني با ولايت فقيه ( در زمان امام و اكنون ) از خصوصيات بارز اين فرد است

موسوی خوئینی ها درست پس از رحلت امام(ره)اعلام کرد:«ما نسبت به برخی اندیشه های امام(ره)انتقاداتی داشتیم اما در حیات ایشان به دلیل ریش سفیدی ایشان جرأت طرح آنها را نداشتیم.»این مواضع باعث شد تا پس از رحلت امام(ره)آرام آرام مخالفت وی با جریان انقلاب تقویت شود و از نظر فکری با سایرین فاصله بگیرد.نقطه شروع فعالیت های آقای موسوی خوئینی ها به عنوان یک عضو فعال سیاسی،بعد از انقلاب و در جریان تسخیر لانه جاسوسی بود.در واقع از همان زمان به بعد بود که او شناخته شد و نامش تا حدی روی زبانها افتاد.علت ورود وی به جریان سیزدهم آبان،رابطه دوستی او با حاج احمد آقا خمینی بود.او به این واسطه وارد ماجرای لانه جاسوسی شد و در طول دوران نگه داشتن دیپلماتهای آمریکایی توسط دانشجویان،به عنوان کانون قدرتی در برابر دولت وقت و دولت بنی صدر ایستادگی کرد.زیرا علی رغم همه همایت های حضرت امام(ره)و مردم از دولت،افرادی در دولت موقت در رأس امور قرار داشتند که با اوضاع انقلابی آن زمان همراه نبودند.حتی بنی صدر نیز با این که تا پیش از این که مسئولیت کلانی در امور اجرایی به عهده بگیرد،با دانشجویان در جریان تسخیر لانه همراهی داشت و با موسوی خوئینی ها در این جریان همفکر بود،بعدها به دلیل سیاست هایی که در مورد آزادی دیپلمات های آمریکایی اتخاذ کرد،از این مسیر فاصله گرفت و مورد انتقاد شدید خوئینی ها واقع شد.بعد از ماجرای تسخیر لانه جاسوسی،موسوی خوئینی ها،به عنوان نماینده امام(ره)در میان دانشجویان فعالیت خود را ادامه داد.از این مبدأبه بعد بود که توانست در معادلات سیاسی جایگاه ویژه ای پیدا کند.البته شایان ذکر است که حمایت امام(ره)از ایشان به دلیل دوستی با حاج احمدآقا و همچنین یافتن درایت ویژه ای در وی،به او قدرت ویژه ای داده بودکه حتی جرأت این را داشت که در مقابل دولت بنی صدر نیز بایستد.بعد از بحث لانه جاسوسی آمریکا،خوئینی ها مسئولیت دادستان کل انقلاب را به عهده گرفت و از آنجایی که جزو جریان چپ اقتصادی به شمار می رفت،با بحث صاحبان سرمایه به نوعی در تقابل قرار گرفت،اما بعدها مواضع وی بازتابهایی را برانگیخت و او را به عقب نشینی وادار کرد.در سال های 1360 تا 1362 به دلیل مواضع ضد جنگ نهضت آزادی،به همراه عطاء ا...مهاجرانی و برخی همفکران دیگر به صورت مشترک اطلاعیه هایی منتشر کرد و ضمن آن علیه نهضت آزادی موضع گرفت و حتی از تصمیم مقامات قضایی پیرامون تعطیلی روزنامه نهضت آزادی«میزان»نیز استقبال کرد.اما درست پس از رحلت امام خمینی(ره)،موضعی اتخاذ کرد که بی شباهت به موضع سران نهضت آزادی نبود و به شدت مورد انتقاد قرار گرفت.او درست پس از رحلت امام(ره)اعلام کرد:«ما نسبت به برخی اندیشه های امام(ره)انتقاداتی داشتیم اما در حیات ایشان به دلیل ریش سفیدی ایشان جرأت طرح آنها را نداشتیم.»این مواضع باعث شد تا پس از رحلت امام(ره)آرام آرام مخالفت وی با جریان انقلاب تقویت شود و از نظر فکری با سایرین فاصله بگیرد.

گفتنی است که تمام افکارات گروهک فرقان برگرفته از نظریات موسوی خوئینی ها است و ایشان ارتباط بسیار نزدیکی با آن گروهک دارد.

درآینده اطلاعات بیشتری از این فرد متفکر اصلاحات که یکی از تاثیرگذارترین افراد در فتنه ۸۸ بود در این وبلاگ منتشر خواهد شد.